我父母是原桂阳县鸡公石仓库的外来务工人员，2012年那里成立了燕山工业园，道路也进行了改建。我父母2000年买了桂阳县运输公司的房子，房子就在原来桂阳至郴州的老路边上，房产证、国土证等手续齐全，房产证的面积为290来个平方，国土证的面积为320来个平方。2013年因为扩建原来桂阳至郴州的老路，即现在的X090路。X090路指挥部的工作人员于2013年来找我父母商谈拆迁的事宜，我父母积极主动的配合指挥部的工作，并与X090路指挥部签订了拆迁补偿协议。协议大致为：1、指挥部在我父母原来房子附件补偿一块286平方的的宅基地，对于我家原有宅基地的几十个平米不再进行补偿，而是用来为我父母建好后的房子办理国土、规划、房产证等手续；2、指挥部对我父母原有住房补偿一部分，用于他们建房。
现在我父母已经在指挥部划给他们的宅基地上按照指挥部的要求建好了新房，向X090指挥部询问有关的国土证、规划证、房产证等有关手续，他们却提出，我父母建的房子属于违章建筑，手续无法办理为由，拒绝办理有关的手续。
原本手续齐全的房子，为了配合国家交通建设，重建后变成了违章建筑？X090路年前就要全部完工，指挥部也将撤销，我父母新建房子的有关手续向谁去要？？
关于X090线桂阳段公路被拆迁户曹令平安置住房情况汇报
县委、县政府为省道X090线桂阳段改建工程建设的需要，曹令平在西水村小水岸组旁的一栋住房在设计红线内，现已拆除，共有建筑面积287.88平方米，属国有土地性质。2013年8月12日与该工程建设指挥部签定了补偿协议，共补偿金额559421元，已全部付清给曹令平。
根据相关安置政策，指挥部在曹令平原房附近新修公路边征下一块农用地为其进行安置，经报省、市、县国土部门批准，并办理了国有土地用地手续，由指挥部承担了征地款和土地出让金及多种税费。共支付金额21万余元。该宗地用于安置曹令平建房农宅基地面积为286.3平方米（含房前空坪），其中建筑基底面积为180平方米。并于2014年6月16日为曹令平办理了国有土地使用证。证号为桂国用（2014）第1286号）
县规划局也下达了桂规地条[2014]38号关于桂阳县2014D-029地块用地规划设计条件的通知及规划平面图。（规划证未办）县规划局指派技术人员到现场进行了定桩放界。
曹令平在建设过程中，由于曹令平未按已批准的180平方米建筑基底面积进行建设，而自行超红线增加一间门面建设。经规划部门现场查看，超过已批建筑面积为27平方米，致使规划部门不能为其发证。
根据与曹令平签定的拆迁补偿协议第五条，国有土地置换安置约定明确规定：“手续办理完毕后，乙方（曹令平）应严格按照规划及国土部门现场放线及相关规定建房，接受规划、国土部门的监管。如违规或有超占土地面积及超层现象，所产生的一切后果由乙方自行负责。
X090线桂阳段建设指挥部
2015年1月27日