弱势群体的期盼
我父母是原桂阳县鸡公石仓库的外来务工人员，2012年那里成立了燕山工业园，道路也进行了改建。我父母2000年买了桂阳县运输公司的房子，房子就在原来桂阳至郴州的老路边上，房产证、国土证等手续齐全，房产证的面积为290来个平方，国土证的面积为320来个平方。2013年因为扩建原来桂阳至郴州的老路，即现在的X090路。X090路指挥部的工作人员于2013年来找我父母商谈拆迁的事宜，我父母积极主动的配合指挥部的工作，并与X090路指挥部签订了拆迁补偿协议。协议大致为：1、指挥部在我父母原来房子附件补偿一块286平方的的宅基地，对于我家原有宅基地的几十个平米不再进行补偿，而是用来为我父母建好后的房子办理国土、规划、房产证等手续；2、指挥部对我父母原有住房补偿一部分，用于他们建房。
现在我父母已经在指挥部划给他们的宅基地上按照指挥部的要求建好了新房，向X090指挥部询问有关的国土证、规划证、房产证等有关手续，他们却提出，我父母建的房子属于违章建筑，手续无法办理为由，拒绝办理有关的手续。
原本手续齐全的房子，为了配合国家交通建设，重建后变成了违章建筑？X090路年前就要全部完工，指挥部也将撤销，我父母新建房子的有关手续向谁去要？？